Esta pesquisa configura-se em um estudo sobre avaliação de desempenho, considerando especificamente a análise da eficiência, através da utilização do modelo denominado DEA (Data Envelopment Analysis). A aplicação da técnica foi realizada na Odontoclínica Central do Exército, no exercício de 2005, a fim de apresentar e discutir uma metodologia capaz de prover a avaliação do desempenho das 11 clínicas que integram a organização, identificando as suas unidades eficientes e ineficientes. Foram criados dois modelos distintos, inicialmente contrapondo-se os insumos (materiais diretos e custos indiretos relevantes) com a receita (componente de natureza financeira) e posteriormente os mesmos insumos com o número de pacientes atendidos (componente de natureza não financeira), buscando em ambos a eficiência através da minimização dos insumos, mantendo-se os outputs. Concluiu-se que é possível avaliar a eficiência relativa das DMU´s em organização dessa natureza, demonstrando assim, como é factível o emprego da ferramenta DEA para proporcionar subsídios no processo decisório, abrindo um campo para outras pesquisas em organizações de saúde.